La scolarisation des enfants ou adolescents accueillis à l'Institut Baguer est dispensée par des enseignants spécialisés de l'Education Nationale.

Les modalités de scolarisation sont différentes en fonction du profil et de l’âge des jeunes, des effectifs, de la localisation des lieux de formation et des partenaires possibles de cette formation. Sans être exhaustif il est possible d’envisager :

• Des formations internes
• Des formations externes
• Des intégrations individuelles (avec le SSEFS ou SESSAD)