Plusieurs formations professionnelles (CAP) sont actuellement proposées par l'institut Baguer. 

L’enseignement dans les classes de la section professionnelle est effectué au sein même de l’institut Baguer par des professeurs de lycée professionnel. 

Au sein de l'Institut

CAP ATMFC (Assistant Technique en Milieux Familial et Collectif)

Le titulaire du CAP exerce des activités dans les collectivités et/ou au domicile. Il assure l’entretien des espaces de vie, l’entretien du linge, la préparation et le service des repas.

CAP Pâtisserie

Le titulaire du CAP exerce son métier dans des entreprises artisanales, des entreprises de l’alimentation, l’hôtellerie, la restauration, la grande distribution.